Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS) di Junior High School Global Islamic School 3 Yogyakarta adalah wadah bagi siswa untuk berpartisipasi dalam pengembangan kegiatan sekolah serta mengasah keterampilan kepemimpinan dan organisasi. Keberadaan OSIS sangat penting karena memberikan kesempatan kepada siswa untuk terlibat aktif dalam perencanaan dan pelaksanaan berbagai kegiatan, seperti acara sekolah, kegiatan sosial, dan program pengembangan diri. Tujuan utama OSIS adalah untuk menumbuhkan rasa tanggung jawab, solidaritas, dan kreativitas di kalangan siswa, sambil membangun kerjasama yang baik antar anggota.

Dalam organisasi ini, siswa akan beraktivitas dalam merancang dan mengorganisir berbagai event, seperti perayaan hari besar, kompetisi, dan kegiatan bakti sosial, yang melibatkan seluruh siswa. Harapan adanya OSIS adalah agar siswa tidak hanya menjadi lebih terampil dalam berorganisasi dan memimpin, tetapi juga menjadi pribadi yang lebih peduli terhadap lingkungan sekitar dan mampu memberikan kontribusi positif bagi sekolah dan masyarakat.