Program Khatmul Qur’an di Junior High School Global Islamic School 3 Yogyakarta adalah kegiatan rutin yang dilaksanakan untuk menyelesaikan pembacaan Al-Qur’an secara keseluruhan, yang diikuti oleh seluruh siswa sebagai bentuk penghormatan dan kecintaan terhadap kitab suci. Kegiatan ini sangat penting karena tidak hanya memperkuat hafalan dan pemahaman siswa tentang Al-Qur’an, tetapi juga menanamkan nilai-nilai spiritual dan moral dalam kehidupan sehari-hari mereka. Tujuan dari program ini adalah untuk memberikan kesempatan kepada siswa untuk menyempurnakan bacaan Al-Qur’an, memahami isi dan makna ayat-ayatnya, serta merasakan kebersamaan dalam melaksanakan ibadah.

Selama kegiatan, siswa membaca Al-Qur’an secara bergiliran di depan guru dan teman-teman, diakhiri dengan doa bersama sebagai tanda syukur. Diharapkan, melalui program Khatmul Qur’an ini, siswa dapat lebih mencintai dan mengamalkan ajaran Al-Qur’an dalam kehidupan mereka, serta menjadikannya sebagai pedoman dalam menjalani kehidupan sehari-hari.